幕府末期，日本堕入骚动。绯村剑心因剑术拙劣，被冠以“刽子手拔刀斋”之名，效能于长州藩倒幕部队首领桂小五郎的手下。一天，剑心救下一位名为雪代巴的年轻女子，却被其目击了杀人行径，他只好将她带到长州藩众人的落脚处。不久后，长州藩武士因池田屋事情引兵上京，随后于禁门之变中打败。剑心与巴以夫妻名义隐居乡间，他第一次感遭到了内心的安宁。但是，巴的突然失踪打破了这份安静，剑心脸上的十字伤之谜也终于被揭开。